El Centro Nacional de Epidemiología tiene como objetivo el conocimiento epidemiológico de los problemas y situaciones del binomio salud-enfermedad con el fin de mejorar el nivel de salud de la población mediante la vigilancia de la salud pública, estudio de la conducta de las enfermedades (transmisibles y no transmisibles), la cuantificación de su impacto y la monitorización de su evolución, así como la investigación de factores que comprometen la salud, y la formación de expertos en epidemiología y salud pública.