La misión de la Dirección General evoluciona según avanzan los trabajos sobre el Espacio Europeo de Investigación (EEI). Dicha misión puede resumirse de la siguiente manera:

 
Impulsar la política de la Unión Europea en el ámbito de la investigación y del desarrollo tecnológico y contribuir de esta manera a la competitividad internacional de la industria europea;

coordinar las actividades de investigación europea con las realizadas en los Estados miembros;

fomentar las políticas comunitarias en otros ámbitos como el medio ambiente, la salud, la energía, el desarrollo regional, etc.;

promover un mejor entendimiento del papel de la ciencia en las sociedades modernas y alentar un debate público sobre temas relacionados con la investigación a escala europea.